很久以前，在欧鲁德朗城曾经爆发一场很严重的战争，勇者亚朗于是决定借助世界初始之树及梦幻的力量来平息战争，为了不让自己的搭档宝可梦—路卡利欧随自己一起牺牲，亚朗于是将它封印在权杖内，就这样过了好几百年...到了现代，小智一行人来到了欧鲁德朗城，在这里正举办纪念勇者亚朗的庆典，他们换上了当地的服装，小智还在庆典的对战大赛中拿到优胜，荣获勇者的名号。当晚正当大家正沉醉在快乐的舞会时，梦幻却出现了，并带走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞会要结束时，亚朗权杖上的封印竟解除了，从里面出现了路卡利欧，路卡利欧对于亚朗封印自己的事十分不能谅解。这时小胜跑了过来告诉大家梦幻带走了皮卡丘。十分担心皮卡丘安危的小智等人，于是并决定在路卡利欧及探险家琪朵小姐的带领下，前往梦幻所居住的地方—世界初始之树...

在很久很久以前，還沒有精靈球的時代，有一場神奇寶貝大戰。勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，為了阻止大戰，藉著波導的力量努力讓戰爭平息，人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」。百年之後，小智和皮卡丘一行人來到歐魯德朗城，參加為了讚頌勇者亞朗而舉行的寶可夢對戰和慶典。小智在對戰中贏得了勝利，被封上「波導的勇者」的稱號，並獲得在祭典時拿著「勇者之杖」化身勇者的權利。就在舉行盛大的慶典之時，被封印在「勇者之杖」中的神奇寶貝路卡利歐竟然在小智的眼前甦醒，並說出百年前亞朗棄城潛逃的秘密！？另一方面，奇幻的神奇寶貝「夢幻」突然現身，並且帶走皮卡丘和喵喵。小智為了尋找皮卡丘，在路卡利歐的帶路下，向「世界初始之樹」前進。在神祕的「世界初始之樹」下究竟隱藏著什麼謎團？皮卡丘被夢幻帶到哪裡去了？傳說中的勇者亞朗和路卡利歐「波導傳說」的秘密到底是什麼？